במסגרת חטיבת הביניים לומדים התלמידים במגוון רחב של שיעורי העשרה: שיעורי מצויינות בספורט הכוללים סייף, שחייה, שחייה אומנותית ואקדמיה לכדורגל של הפועל קטמון; שיעורי מצויינות במדעי הטבע הכוללים פיסיקה, אגרוטק, בריאות ומחשבים; ושיעורי מצוינות במדעי הרוח והחברה הכוללים צילום, קולנוע, סינית, אומנות יחסים בינלאומיים ותקשורת. השיעורים מתקיימים במעבדות חדישות ומצוידות בשלל עזרים טכנולוגיים מתקדמים.

תלמידי בית הספר לומדים שפה זרה שניה על ידי מורים מובלים לרוסית או צרפתית. בנוסף, בחטיבת הביניים פועלת מזה מספר שנים תכנית אל״ה אשר מאפשרת את שילובם המיטבי של תלמידים בעלי לקויות למידה.

הכנת תלמידי החטיבה לתיכון כוללת סדרה של שיעורים שמטרתם הקניית מיומנויות למידה חשובות, שיעורים אינטרדיסיפלינאריים המשלבים נושאים כגון פרזנטציה, כתיבת עבודות חקר ואיתור מקורות מידע. 

​

בתיכון חוות הנוער הציוני פועלות מגמות לימוד שונות ויוקרתיות ובכלל זאת: מגמת ביולוגיה ואגרוטק, סינית, אומנות, רוסית, איתור וגילי מידע דיגיטלי – סייבר, דיפלומטיה, כימיה, חינוך גופני, פיסיקה, קולנוע, מוזיקה ומחשבים. המגמות השונות מכינות את התלמידים לעולם התעסוקה ולמוסדות ההשכלה הגבוהים בארץ ובחו"ל. אחוזי ההצלחה הגבוהים בבגרויות מידי שנה, מלמדים על הוראה יצירתית ומגוונת של צוות המורים המנוסה וכן על למידה ברמה אקדמית גבוהה. 

במסגרת הלימודים בתיכון זוכים תלמידי חוות הנוער הציוני ללמוד שיעורי העשרה רבים כגון חינוך פיננסי והתמצאות במערכת הכלכלית-חברתית, שיעורי תעבורה, מועדון דייביט ואנגלית דבורה. לצד זאת ניתנת ללמידים תמיכה כוללת של שעות פרטניות ושעות מרכז למידה אשר מאפשרים לכל תלמיד ותלמידה למצות את מלוא יכולותיהם.

תלמידי התיכון משתתפים מידי שנה בתחרויות שונות בארץ ובעולם, מקיימים קשרים עם תלמידים מבתי ספר שונים בעולם ומקיימים חילופי תלמידים.